DELTA 是怎么来的?

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DELTA 是怎么来的?

Delta是第四个希腊字母的读音 , 其大写形式为Δ , 是物理学里的增量符号 , 也是遗传研究中基因缺失的象征;它的小写为δ , 在高等数学里指代变量 。 DELTA 是怎么来的?

Delta还有三角洲的意思|图源:unsplash与此同时 , Delta也是目前在全球掀起又一阵疫情风暴的始作俑者的代号 。
为什么新型冠状病毒(SARS-CoV-2 , 后简称新冠病毒)变异株的叫法一直在变?从大写英文字母和数字的组合 , 到如今的希腊字母 , 这些变异类型有什么不同?又有哪些相似之处?
科学家的叫法
在过去的一年多时间里 , 人类从一开始的"遭遇战" , 逐渐转为和新冠病毒漫长的"拉锯战" 。 尽管人类采取了核酸检测+隔离、研发药物和推广疫苗接种等策略和手段 , 但新冠病毒也不是"吃素"的 , 它们在不断累积和孵育他们专属的武器——突变与"进化" 。
相较于双链DNA , 单链RNA形式的遗传信息更容易产生突变 , 这使得本就异常"凶猛"的新冠病毒更加难以对付 。 针对这些变异株的研究迫在眉睫 , 只不过在这之前 , 精准区分不同变异株是科学研究的基础 。
DELTA 是怎么来的?

新冠病毒|图源:unsplash@cdc从生物学的层面来看 , 病毒的遗传序列相当于它们的"身份证号码" , 但这个号码太长 , 并不适合用来代指各种变异株 , 所以一些系统性的命名方法被派上了用场 。
GISAID
首次发布于2008年5月的GISAID , 是一个流行病病毒的数据共享平台 , 先后受到世界卫生组织(WorldHealthOrganization , 后简称WHO)和欧盟的认可 。
GISAID展现的新冠病毒变异株信息 , 主要使用病毒突变位点对应的氨基酸变异来命名 。 例如正在全世界猖獗的Delta , 在这里被叫做G/452R.V3.
第一个"G"是该变异株所在的支系名称 , 该支系携带的特征性氨基酸突变为S-D614G , 即刺突蛋白(S蛋白)第416个氨基酸由原本的天冬氨酸(D)突变为甘氨酸 。
后面的"452R.V3"是指子代支系的特点 , 例如这里是指包括另一个关键氨基酸突变L452R(第452位的亮氨酸突变为精氨酸)在内的其他特征 。
DELTA 是怎么来的?

主要变异支系名称|表格整理自GISAID官网Nextstrain
Nextstrain是一个开发利用病原体基因组数据的开源项目 。 在Nextstrain的体系里 , 新冠病毒的命名方式与GISAID略有不同 , 它会以年份作为开头 , 然后按照英文字母表的顺序依次命名这一年内出现的病毒变异支系 , 之后再表明关键的氨基酸突变情况 。
还是以Delta为例 , 它在Nextstrain中的名字是21A/S:478K , 是指这一变异株是2021年新出现的首个支系 , 且关键突变包括是S蛋白上第478位的氨基酸突变成为赖氨酸(K) 。
DELTA 是怎么来的?

世界范围内各变异支系占比变化情况|截图自Nextstrain官网
一般只有当某个变异株在全球占比超过20% , 且与原始支系有2个以上的关键突变时 , Nextstrain才会将其命名为一个新的变异支系 。 在某种程度上 , 这其实并不利于病毒突变、进化过程的展现 , 所以目前使用较多的是Pango的命名方式 。
Pango
相比于前两种在名称中体现突变位点的命名方式 , Pango命名能清楚的显示变异株在进化树上的位置 , 以及不同变异株之间"亲缘关系"的距离 。